Диод действительно нужен для гашения противо-ЭДС. Ставить желательно. Вряд ли в контроллерах имеется защита от перенапряжений со стороны нагрузки.
Защита от переразряда инвертора действительно остается "не у дел". Но в автономных системах лучше сохранить подольше жизнь аккумулятора. Тем более, что у большинства инверторов порог отключения - около 10,5В (в пересчете на 12В), а это при малых токах разряда может быть и 100% разрядом аккумулятора. А бывает даже и меньше - например у "Чистого синуса" производства Новосибирска порог отключения нагрузки вообще почему-то 8,5В. Сейчас мы заказали специальную модификацию с повышенным напряжением защитного отключения.
Насчет невозможности "нормально заряжать аккумулятор" не соглашусь. Инвертор не почувствует ШИМ, так как аккумулятор является очень хорошим фильтром (как очень большой конденсатор), а самому аккумулятору важен не столько импульсный характер заряда, сколько фаза абсорбции/насыщения (т.е. заряда при постоянном напряжении в течение определенного времени). Скорее всего, при одновременном разряде фазу абсорбции лучше бы удлиннить, но возможность такой настройки есть далеко не во всех контроллерах заряда, и обычно эта фаза длится от 10 до 30 минут. Затем контроллер переходит в фазу поддерживающего заряда до следующего снижения напряжения. Для сравнения, у встроенных в дорогие инверторы зарядных устройств фаза насыщения может регулироваться до нескольких часов, и обычно рекомендуют 1-2 часа.
По поводу совместной работы солнечных батарей и ветроустановки. Особых проблем здесь тоже нет. Просто подключаете оба этих источника через свои контроллеры заряда. Более того, многие контроллеры ветроустановок имеют возможность присоединять и солнечные батареи (т.е. встроенный дополнительный контроллер заряда от солнечных батарей). Есть даже гибридные инверторы с солнечными и ветровыми контроллерами (например, которые идут с предлагаемыми нами китайскими ветроустановками). Но обычно солнечный контроллер в таких устройствах простейший. Да и инвертор слабенький.
Аккумулятор в такой системе будет являтся буфером. Нужно только подбирать соответствующую ветрогенератору, солнечной батарее и инвертору емкость аккумуляторной батареи, чтобы она, с одной стороны, сглаживала все неравномерности заряда и разряда, и. с другой стороны, успевала периодически полностью заряжаться.