Не будут мешать. MPPT отслеживает по сложному алгоритму напряжение на солнечной батарее, а не на аккумуляторе. Если напряжение на АБ меняется и достигает, например, напряжения фазы абсорбции - то оба контроллера перейдут в эту фазу заряда. Единственно, что может быть - это небольшая несостыковка из-за того, что контроллеры измеряют напряжение по-разному, с некоторой погрешностью. Но, скорее всего, в этом ничего страшного нет.
У нас на объектах спокойно работают контроллеры солнечного заряда совместно с контроллерами заряда ББП. На паре объектов работают все 3 контроллера параллельно - контроллер заряда от ветроустановки, солнечный контроллер и заряд от сети или генератора. Никаких эксцессов не наблюдается. Все "неравномерности" сглаживаются аккумуляторной батареей достаточной емкости.
Приведу простую аналогию (про "ведра с электричеством"

). Допустим, у вас есть бак с водой. Вы заливаете туда воду из нескольких трубочек. Причем с одной трубочки льется вода небольшой маленькой струйкой, из другой заливается порциями по несколько капель с частотой 20 герц, через третью вода течет по минуте с интервалом в минуту. Одновременно через сливное отвертстие вода неравномерно выливается. Как эти все "алгоритмы" будут влиять на общий уровень воды в ванне? Скорее всего, более важно, чтобы залив соответствовал сливу. И чтобы скорость залива при высоком уровне в баке не приводила к большой турбулентности и переливу воды через край в это время.